Шалфей мускатный, также известный под синонимом Sclarea, представляет собой полукустарник, который может быть как однолетником, так и многолетником или двулетником. Это среднерослое растение достигает высоты от 20 до 120 см. Стебли шалфея прямые и простые, они длиннее соцветий и покрыты курчавыми волосками с примесью стебельчатых желёзок. Листья растения имеют разнообразные размеры: нижние и средние стеблевые могут достигать длины от 5,5 до 32 см и ширины от 5 до 22 см; прикорневые листья мельче, а верхние стеблевые — меньше средних и располагаются на укороченных черешках.
Шалфей мускатный отличается яркими соцветиями размером от 50 до 60 см в длину. Их окраска варьируется от розовато-фиолетовых до светло-синих оттенков; реже встречаются белые цветы. Основная окраска включает белый, розовый, фиолетовый и синий цвета. Цветение происходит в период с июля по сентябрь.